普洱茶作为后发酵茶，发酵的品质离不开发酵微生物的贡献，从黑茶的加工中微生物多样性归纳总结发现，还没有因喝茶导致感染的细菌，比如沙门菌、大肠杆菌、空肠弯曲杆菌；以及其他毒素性细菌打报道。因此，普洱茶叶加工过程中细菌性生物安全风险目前来看是比较低的。
普洱茶初制过程中的主要微生物群落
后发酵茶存储过程中的主要微生物菌落
食品工业对于黄曲霉的研究，黄曲霉菌主要生长温度为6-47℃，最适合温度为30-38℃。生长的最低水分活动为0.8-0.86.且分布很广，在各类粮食上均能出现，有致癌、致畸作用。该菌产毒的最适温度为27℃。
从水分活度与微生物的生长繁殖关系来说，各类微生物生长都需要一定的水分活度，只有食物的水分活度大于某一临界值时，特定的微生物才能生长。一般说来，细菌为0.9，酵母为0.87，霉菌为0.8。一些耐渗透压微生物除外。
结合普洱茶存国家标准,在GB/T22111-2008《地方标志产品普洱茶》中规定了不同加工工艺的普洱茶水分含量的详细水分标准。晒青茶的水分不能超过10.0%；普洱生茶的水分含量不能超过13.0%；而普洱熟茶的水分含量则不得高于12.0%的上限。
所以刚加工好的普洱茶来说，从感官上来说，类似与水分活度0.60~0.75之间。而从家庭或者私人存茶来说，要避免“黄曲霉”的发生。理论上我们可以从几个方面注意：
第一、选购正规、有出处的茶叶。
黄曲霉毒素，耐高温，只有在300°左右的温度才能被分解。所以选购茶叶来说，需要从茶园种植、采收、加工和贮藏过程都在安全可控的环节。选购来说，一定要注意有效控制人为污染的重要源头的产品，老茶选购来说，要符合条件的产品，才能下手。
第二．保持茶的“自然属性”，不选购“添加类”普洱茶。
黄曲霉来说，多与粮油类等伴生。而高温、高压、高能辐照（辐照灭菌）和氧化还原等剧烈理化杀菌技术，可能会影响茶叶感官的品质，一般均不作为茶叶微生物污染控制的有效手段。
是茶叶作为一种健康产品，其特点在于健康属性、保健功效及文化传承象征，根据现行国家级多个行业标准规定，茶叶中不允许添加任何非茶类物质（包括在食品中允许使用的调味剂及仿佛保鲜剂），用以改变茶叶的自然属性、感官品质。以及用于微生物污染控制等其他目的。同时，茶叶也属于干燥食品，水活度本身不适于绝大多数菌群的生长繁殖，气微生物安全风险本身校对，因此，选购茶叶应该找遵循源头控制、清洁生产和自然生态无添加的理念。最大限度保持茶叶原有的自然属性。
第三、家庭存茶，需要特定环境，适仓储。
个人或是家庭存茶来说；原则上：避光、通风、干燥、避异味存储即可。而避免“黄曲霉来说，在选购正规的茶叶后，避免与米面粮油相关的接触。同时环境水分重，普洱茶水活度需要保持在小于0.8以下，感官来说茶叶摸上去不要是柔软的，温度来说，变量不可控制，“酵化”虽与温度相关，其实对于普洱茶存放，变化意义不一。所以家庭存贮来说，控制好茶叶的水活度，便能很好的控制“黄曲霉”的危害。